仲恺农业工程学院海珠校区占地17.78万平方米，原本为完整的一整块，后为仲恺路所分隔为南北两区。北区包含办公区、科研区、教学区、教工住宅区、学生生活区和体育运动区。南区主要为学生宿舍区和学生生活区。
通讯地址：广州市海珠区仲恺路501号
院系设置：
信息科学与技术学院、自动化学院、管理学院、何香凝艺术设计学院、人文与社会科学学院 仲恺农业工程学院白云校区占地60.34万平方米，位于广州市白云区钟落潭镇的广州第二大学城——钟落潭高校园区。校园处于群山环抱之中，风景优美，空气清新，约147.89万平方米（分三期，已完成一期建设）。
通讯地址：广州市白云区钟落潭镇广新路388号
院系设置：
农学院、园艺园林学院、生命科学学院、经贸学院、轻工食品学院、机电工程学院、化学化工学院、环境科学与工程学院、外国语学院、城市建设学院、计算科学学院、动物科技学院 仲恺农业工程学院实习农场占地33.35万平方米，位于广州市番禺区钟村，建筑面积2658平方米，其中，学生综合楼1600平方米，可同时接纳180名师生；温室面积4164平方米，其中智能玻璃温室100平方米，薄膜连体温控大棚1024平方米，荫生花卉大棚2100平方米，无土栽培设施2栋1000平方米，鱼塘6亩。
