我觉得还是科学院理论物理所实力强一些。
科学院理论物理所历任所长都很牛，尤其是彭桓武与周光召，都是两弹一星的元勋，是能拿理论物理解决实际问题的。
郝柏林院士也当过所长，也是非常牛的，据说他是苏联物理学家朗道的学生。
朗道的物理学教材大家都知道，那简直就是百科全书的物理学圣经，一般人看不懂全部。
所以，科学院理论物理所有很好的基础。
科学院理论物理所前任所长吴岳良院士是中国引力波探测计划“太极计划”的首席科学家。
科学院理论物理所目前主持工作的副所长蔡荣根院士是我国的相对论专家，他是相对论与天体物理学会的理事长，他的论文的引用率在国内物理圈的排名是非常靠前的，可以说他是理论物理的大牛（刚才我还在与蔡老师发微信聊了几句，他也是浙江人）。
而北京大学的理论物理所，相对来说水平不如科学院的理论物理所，当然北京大学本身也是很好的。
不过北京大学主要是做粒子物理与凝聚态物理，做相对论的相对要少一些。
因此，如果你要选择读理论物理，还得看看你要选什么专业。
因为北京大学的理论物理在某些专业上也是很牛的。
另外，读研究生要考虑到每个月的工资，据我所知，科学院的研究生的工资是高于大学的。
当然，北京大学不是一般的大学，待遇也是不错的，具体与科学院的工资差距不大。
研究生没有钱是不行的，所以报考之前先打听一下哪个地方的钱多，哪个导师给的钱的，就去哪里。
目前，中国的引力波探测计划如火如荼，有大量的投资在这个领域，理论物理所的蔡荣根院士这个组的经费是不少的，也许你可以考虑考蔡老师的研究生。
我只能说到这里了。
毕竟，做学问也不能光看钱的。
做理论物理如果进中科院物理所，那压力是相当大，我有朋友在中科院物理所做研究，40岁秃头，经常熬夜，看面相已经像60岁的人了。
北大的环境相对自由，而且读硕也许你并没有规划好以后的人生就搞物理了，而北大可以更方便的换专业或者同时进修别科的硕士。
所以如果你并不坚定，那么还是北大比较好。
当然如果论项目，那是中科院物理所的项目更好，工资也更高。
