1、贷款利率的不同
公积金贷款是不以盈利为目的的政策性贷款，因此它的利率相对较低;而商业银行贷款是以赢利为目的，利率相对高一些。
2、贷款额度不同
商业贷款和公积金贷款购置同样的一套房子，商业贷款的首套房子可以贷到70%的话，那么纯公积金贷款的首套则最多可贷款到80%。但是，由于公积金贷款有最高贷款额的限制，因此，公积金贷款的额度通常较低，商业贷款的额度会高一些。
3、审批时间和机构不同
商业贷款所需时间大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日，商业贷款快于公积金贷款。商业贷款主要通过银行审批，决定权在银行。公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
4、要求不同
商业贷款的要求是个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。公积金贷款要求比较严格，除了要求个人的信用良好，还有要求连续正常缴存住房公积金6个月以上(各地要求略有不同)。
5、贷款来源不同
商业贷款来源于银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金贷款来源于职工个人及所在单位缴存的住房公积金。
6、流程不同
公积金贷款和商业贷款都在购房时提出申请，只是公积金贷款需要经过公积金管理中心初审和复审来核定额度和是否符合贷款条件。而商业贷款就只经过贷款银行审核。因此公积金贷款买房的手续会比商业贷款买房更麻烦。
